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493333管家婆图元基因组学病原体检测工具可能会改变传染病的诊断

文章来源:本站原创 发布时间:2019-11-01 点击数:

  犹他大学,ARUP实验室和IDbyDNA,Inc.的科学家已经开发了称为Taxonomer的超快速元基因组分析软件,可以大大提高病原体检测的准确性和速度。在今天发表在《基因组生物学》上的一篇论文中,合作者证明了生物分类单体能够分析临床标本中所有核酸(DNA和RNA)的序列,检测病原体以及分析患者基因表达的能力。分钟。

  传染病是世界上最大的杀手之一。全世界每年有将近500万5岁以下的儿童死于传染病,但如果能够快速,准确地识别出病原体,那么许多感染是可以治愈的。

  “在传染病领域,这种技术可能与对人类基因组进行测序一样重要,”合著者,犹他州大学人类遗传学教授Mark Yandell博士说。本宁总统基金会主席,USTAR基因发现中心联合主任,IDbyDNA联合创始人。“很少有人遗传了遗传病。但是到了某个时候,每个人都因感染而生病。”

  暴露其遗传物质时,传染性病原体很难隐藏。在复杂的基因组分析和计算技术的推动下,生物分类单体为传染病诊断开辟了一种全新的方法。对患者的样本进行测序后,数据通过互联网上传至Taxonomer。在不到一分钟的时间内,该工具将显示样本中所有病原体的缩略图清单,包括病毒,细菌和真菌。Taxonomer的交互式实时用户界面由IOBIO系统提供动力,该系统由美国大学U.人类遗传学教授,USTAR遗传发现中心联合主任Gabor Marth,DSc实验室开发。

  “我们的基准分析表明,分类单元比同类工具快十到一百倍,”合著者Robert Schlaberg医学博士,ARUP实验室医学总监,IDbyDNA联合创始人,医学博士MPH说道。Schlaberg从比尔和梅琳达盖茨基金会获得了100,000美元的赠款,用于将Taxonomer应用于在资源有限的环境中降低感染性疾病儿童的高死亡率。

  Schlaberg指出,当前的诊断测试仍在很大程度上依赖于实验室中可疑病原体的不断增长的培养,这通常是不确定的且耗时的。即使使用像PCR这样更快的测试,也可以检测到病原体的数量受到限制。

  Schlaberg解释说,Taxonomer可以识别感染,而无需医生决定要进行何种检测,而基于PCR的检测则无法做到。换句话说,医生不必怀疑患者感染的原因,而可以简单地问:“我的患者有什么?” 且分类生物将识别病原体。

  在这项新研究中,使用他人发表的数据以及ARUP实验室和疾病控制与预防中心(CDC)提供的样本,对真实案例进行了分类学测试。分类学家确定,在最近的非洲疫情中表现出类似埃博拉病毒症状的某些患者没有埃博拉病毒,而是可能导致其症状的严重细菌感染。“只要我们不知道病因,包括发现疾病的突然爆发,就可以使用这项技术。很显然,我们迫切需要更准确的诊断方法,493333管家婆图,以大大增强公共卫生应对和临床护理的能力, CDC医学流行病学家医学博士Seema Jain说。

  紫杉醇的另一个独特特征是它能够深入研究人类基因表达分析,提供有关患者身体对感染的反应方式或反应的信息。“作为临床医生,当我们确定病原体是否真的是引起疾病的原因时,这为您提供了一个更好的主意,” U U的儿科学教授,UU联合主任Carrie L. Byington医学博士说。临床与转化科学中心。“当我们没有发现病原体或发现多种潜在原因时,该工具还将使我们能够确定患者对细菌或病毒感染是否有反应。” 她说,她认为该工具可用于治疗儿童,这些儿童在生命早期遭受更多威胁生命的感染。“看到主人(患者)的反应非常有价值;我相信这是我们诊断人的方式的转变。

  在先前发表在《临床微生物学杂志》上的论文中,Schlaberg和他的合作者证明,高通量测序与紫杉酚的结合可以可靠地检测患者样品中的病原体,并鉴定以前遗漏的病原体。Schlaberg说:“ Taxonomer向前迈出了关键的一步,因为它极其快速,准确且易于使用,可以在诊断实验室中使用。”